《事业单位法人证书》的法律效力来源于《事业单位登记管理暂行条例》。《事业单位法人证书》所载内容主要是经登记管理机关核准登记的事项，标明了该事业单位能够承担的行为能力，具有法律效力；其效力范围在空间上溯及全国，在时间上以证书的有效期为限。
《事业单位法人证书》作为事业单位法人资格的合法凭证，主要适用于以下方面：
（一）刻制印章等。事业单位须凭《事业单位法人证书》到当地公安机关办理手续，刻制印章、领取车船牌照；事业单位制作牌匾、印制信封信笺、对外行文的名称必须与《事业单位法人证书》上所登载的名称完全相同。
（二）银行开户与贷款。事业单位开立基本账户或办理贷款业务，须凭《事业单位法人证书》。
（三）办理社会保险。事业单位应持《事业单位法人证书》向同级劳动与社会保障部门办理养老、医疗、失业等社会保险。
（四）税务管理及申请有关优惠。事业单位申请税务登记，申请减免税收及其他优惠，应持《事业单位法人证书》。
（五）工商管理。事业单位兴办企业等，应持《事业单位法人证书》向工商行政管理部门申请办理有关登记。
（六）国有资产登记管理和统计登记。事业单位办理国有资产登记和统计登记，以《事业单位法人证书》证明其身份。
（七）土地、房产登记管理。事业单位申请办理土地、房产登记事宜，应持《事业单位法人证书》。
（八）有关收费。事业单位向同级有关部门申请行政、事业性收费，应出示《事业单位法人证书》证明其身份，并以《事业单位法人证书》上登载的有关内容作为申请收费项目的依据之一。
（九）诉讼公证。事业单位参加诉讼与公证，审判机关和公证机关以《事业单位法人证书》所载事项作为确定其行为责任能力、权利和义务的依据。
（十）人事调动和工资基金管理。事业单位人事调动和工资基金管理事宜，应持《事业单位法人证书》。
（十一）合同契约。事业单位法人对外签定合同契约，以《事业单位法人证书》证明其事业单位法人资格。
（十二）其他事宜。有关部门按照规定，要求事业单位提交《事业单位法人证书》的其他事宜。